尚不明确，可能与感染、遗传、免疫三个方面的因素有关。精神刺激、饮食因素和不卫生习惯可诱发病情加重。目前尚无特殊疗法，无论药物或者手术都无法对该病进行根治，一般采用支持疗法和对症治疗。本病于1932年由Crohn等人最早描述，因此被世界卫生组织命名为克罗恩病(以前叫克隆病)。过去曾名“局限性肠炎”、“肉芽肿性肠炎”。本病多见于年青人，病变可发生于消化道(自口腔至肛门)的任何部位，但以末段回肠和右半结肠最多见。

克罗恩病的病因目前尚不明了，关于致病因素以往认为有感染因素、遗传因素和免疫因素等。现在有一些学者认为，炎症性肠病的发生是由于内源性的细菌。病变可累及从口腔到肛门的消化道各部分，但以回肠、结肠最多。也可发生皮肤的转移性病变，表现在会阴部、腹股沟和手术后肠瘘口附近，主要为皮肤溃疡，皮肤活检可见肉芽肿性炎症，其他的皮肤病变有坏疽性脓皮病、结节性红斑、体质性湿疹、口腔和外生殖器溃疡。